Última revisión: octubre de 2026 · Escrito por Pedro Leyva, asesor fiscal en Gestoría Adade (Granada) · Cómo trabajamos
Con una baja médica siendo autónomo cobras el 60 % de tu base de cotización desde el cuarto día hasta el vigésimo y el 75 % desde el día 21, si es por enfermedad común. Si es por accidente de trabajo o enfermedad profesional, cobras el 75 % desde el día siguiente a la baja. Y a partir del día 61 dejas de pagar la cuota: la paga tu mutua.
En la gestoría es una de las situaciones que más angustia generan, porque además de estar enfermo hay que seguir pagando cosas. Te explicamos los requisitos, cuánto cobras con ejemplos, qué pasa con la cuota, qué papeles hay que presentar y si puedes mantener el negocio abierto mientras estás de baja.
Cuánto cobras de baja, de un vistazo
| Situación | Días 1 a 3 | Días 4 a 20 | Desde el día 21 |
|---|---|---|---|
| Enfermedad común o accidente no laboral | 0 % | 60 % | 75 % |
| Accidente de trabajo o enfermedad profesional | 75 % (desde el día siguiente a la baja) | 75 % | 75 % |
Para cobrar tienes que estar de alta y al corriente de pago y, si es enfermedad común, tener 180 días cotizados en los últimos 5 años (en los accidentes no se exige un mínimo). Te paga tu mutua cada mes y, desde el día 61 de baja, también se hace cargo de tu cuota. Cuanto más alta es tu base, más cobras: cotizar por la mínima sale caro si enfermas.
Requisitos para cobrar la baja médica siendo autónomo
La baja por enfermedad se llama oficialmente incapacidad temporal (IT). Desde 2019 todos los autónomos la tienen cubierta de forma obligatoria y la gestiona la mutua que elegiste al darte de alta. Para cobrarla necesitas:
- Estar de alta en el RETA el día de la baja.
- Tener cotizados 180 días en los 5 años anteriores, si la baja es por enfermedad común. Si es por accidente, laboral o no, o por enfermedad profesional, no se exige periodo mínimo.
- Estar al corriente de pago de tus cuotas. Si debes alguna, te invitarán a pagarla y tendrás 30 días naturales para ponerte al día; si no lo haces, no cobras. Si tienes deudas, lo vemos en qué pasa si no pagas la cuota de autónomos.
- Tener el parte de baja emitido por tu médico del servicio público de salud (o por la mutua, si es una contingencia profesional).
Cuánto cobra un autónomo de baja
La prestación se calcula sobre la base reguladora, que es tu base de cotización del mes anterior a la baja dividida entre 30. Es decir, no depende de lo que factures, sino de la base por la que cotizas.
| Tipo de baja | Días 1 a 3 | Días 4 a 20 | Desde el día 21 |
|---|---|---|---|
| Enfermedad común o accidente no laboral | Nada | 60 % | 75 % |
| Accidente de trabajo o enfermedad profesional | 75 % desde el día siguiente a la baja | 75 % | 75 % |
La prestación tributa en el IRPF como rendimiento del trabajo, así que la mutua te practicará una retención. Y dura como máximo 365 días, prorrogables otros 180 si se prevé que te vas a recuperar. La Seguridad Social resume estos porcentajes y la obligación de declarar tu situación en su guía sobre las prestaciones de los autónomos.
Ejemplos de baja médica siendo autónomo
Elena, fisioterapeuta en Granada: 45 días por enfermedad común
Elena tiene una consulta de fisioterapia en Granada y cotiza por una base de 1.274,51 € (tramo general 6). Una neumonía la tiene 45 días de baja. Su base reguladora diaria es de 1.274,51 / 30 = 42,48 €.
| Periodo | Días | Porcentaje | Importe |
|---|---|---|---|
| Días 1 a 3 | 3 | 0 % | 0 € |
| Días 4 a 20 | 17 | 60 % (25,49 €/día) | 433,33 € |
| Días 21 a 45 | 25 | 75 % (31,86 €/día) | 796,50 € |
| Total bruto | 45 | 1.229,83 € |
Como la baja no llega a 60 días, Elena sigue pagando sus cuotas de 401,47 € al mes. Durante esas semanas, su consulta está cerrada.
Miguel, albañil en Santa Fe: 90 días por accidente de trabajo
Miguel es albañil autónomo en Santa Fe y cotiza por 960,78 € (302,65 € al mes). El 2 de marzo se cae de un andamio y está 90 días de baja. Al ser un accidente de trabajo, cobra el 75 % desde el día siguiente: 960,78 / 30 × 75 % = 24,02 € al día, unos 2.137,78 € por los 89 días.
Además, desde el día 61 de baja (1 de mayo) deja de pagar la cuota: la de mayo, 302,65 €, la paga su mutua.
Qué pasa con la cuota durante la baja médica siendo autónomo
Durante los 60 primeros días de baja sigues pagando tu cuota de autónomo como siempre. A partir del día 61, la cuota por todas las contingencias la paga la mutua (o la entidad gestora), y tú sigues cotizando para tu jubilación sin pagar nada. Es una regla que existe desde el 1 de enero de 2019.
Mientras pagas, cuidado con no devolver ningún recibo: estar al corriente es requisito para cobrar la prestación. Si estás en la tarifa plana de autónomos, la baja no la interrumpe; sigues con la cuota reducida.
Cotizar por la base mínima te deja una baja muy corta
Con la base mínima del tramo general 1 (950,98 €), la baja por enfermedad común te deja unos 19 € al día del cuarto al vigésimo día. Si quieres una prestación que te permita vivir mientras te recuperas, plantéate subir tu base: lo explicamos en cambiar la base de cotización. Ten en cuenta que el cambio solo se aplica desde la siguiente fecha de efectos y que la base que cuenta es la del mes anterior a la baja.
Cómo se tramita la baja médica siendo autónomo
- Ve a tu médico de cabecera (o a la mutua si ha sido un accidente de trabajo). Él emite el parte de baja y, mientras dure, los partes de confirmación.
- El parte viaja por vía electrónica al Instituto Nacional de la Seguridad Social y a tu mutua. Desde abril de 2023 no hace falta llevar copias en papel, pero confirma con tu mutua si te pide algo más.
- Presenta a la mutua la solicitud de la prestación con tus datos bancarios y la documentación que te pida.
- Presenta la declaración de situación de la actividad en los 15 días siguientes a la baja, y repítela cada seis meses si te la piden: en ella indicas si cierras temporalmente o quién se queda al frente del negocio.
- Cobra cada mes: la mutua te paga directamente, normalmente a mes vencido.
- Al recibir el alta, vuelve a tu actividad. Si la mutua o el INSS te dan el alta antes de que te encuentres bien, puedes presentar una disconformidad en el plazo que te indiquen.
¿Puedo seguir con el negocio abierto durante la baja?
Tú no puedes trabajar mientras estás de baja: si la mutua comprueba que sigues atendiendo el negocio, puede retirarte la prestación. Pero tu negocio sí puede seguir abierto si lo lleva otra persona: un empleado, un familiar o alguien que contrates para sustituirte. Esa persona es la que indicas en la declaración de situación de la actividad.
Si contratas a alguien para sustituirte, consulta antes si puedes aplicar alguna bonificación por interinidad. Y si la baja se alarga mucho y el negocio no aguanta, valora tus opciones con tiempo: el paro para autónomos tiene sus propios requisitos.
Tus impuestos durante la baja médica siendo autónomo
Una baja médica siendo autónomo no te libera de Hacienda. Sigues de alta en el censo, así que tienes que presentar tus trimestrales en plazo, aunque ese trimestre no factures nada: el modelo 303 se presenta sin actividad y el 130 puede salir a cero. Si no los presentas, la multa por cada declaración sin importe es de 200 € (100 € si la presentas tarde por tu cuenta).
Si tienes gestoría, avísala en cuanto te den la baja para que lleve tus plazos y prepare la documentación de la mutua. Y guarda los partes y las resoluciones: la prestación aparecerá en tus datos fiscales como rendimiento del trabajo cuando hagas la Renta.
Recaídas y bajas largas siendo autónomo
Si vuelves a darte de baja por la misma enfermedad en los 180 días siguientes al alta, se considera una recaída: se suma a la baja anterior a efectos de duración máxima. Si es una enfermedad distinta, empieza una baja nueva.
Cuando la baja se acerca a los 365 días, el INSS revisa tu caso: puede darte el alta, prorrogarla hasta 180 días más o iniciar un expediente de incapacidad permanente. En una baja tan larga, la mutua ya lleva meses pagando tu cuota, así que lo importante es planificar qué hacer con el negocio.
¿Merece la pena un seguro de baja?
Como la baja médica siendo autónomo cubre poco si cotizas por la mínima, muchos autónomos contratan un seguro privado de incapacidad temporal que paga una cantidad fija por día de baja, desde el primer día o desde el que elijas. Complementa la prestación pública, sobre todo si cotizas por una base baja o si tu negocio tiene gastos fijos altos (alquiler, préstamos, empleados).
No sustituye a la prestación de la Seguridad Social, que es obligatoria. Antes de contratarlo, compara el coste con lo que te costaría subir tu base de cotización, que además mejora tu jubilación.
Cinco fallos que te pueden dejar sin cobrar la baja
- Seguir trabajando mientras estás de baja: es la causa más habitual de que la mutua retire la prestación.
- No presentar la declaración de situación de la actividad en plazo.
- Tener cuotas pendientes el día de la baja y no pagarlas en los 30 días de la invitación al pago.
- Cotizar por la mínima sin saber lo poco que supone en una baja.
- Olvidar que la prestación tributa: en la Renta se suma a tus ingresos.
Baja médica siendo autónomo: preguntas frecuentes
¿Un autónomo cobra los tres primeros días de baja?
No, si es por enfermedad común o accidente no laboral. Se cobra desde el cuarto día. Si es por accidente de trabajo o enfermedad profesional, desde el día siguiente a la baja.
¿Tengo que seguir pagando la cuota estando de baja médica siendo autónomo?
Sí, los 60 primeros días. A partir del día 61, la cuota la paga la mutua y tú no pagas nada mientras dure la baja.
¿Quién me paga la baja, la Seguridad Social o la mutua?
Normalmente la mutua colaboradora con la que tienes cubierta la incapacidad temporal. Te la paga directamente a ti, cada mes.
¿Puedo darme de baja en Hacienda mientras estoy de baja médica?
No hace falta. La baja médica no es una baja de la actividad: sigues de alta en Hacienda y en la Seguridad Social y presentas tus declaraciones con normalidad, aunque salgan a cero.
¿Qué pasa si me quedo embarazada o tengo un hijo?
Eso no es una baja por enfermedad, sino la prestación por nacimiento, que se cobra al 100 % de la base. Lo explicamos en la prestación por nacimiento para autónomos.
¿Estás de baja o te preocupa no poder pagar si enfermas?
Revisamos tu base de cotización, te ayudamos con la mutua y la declaración de situación de la actividad y vemos si te conviene un seguro complementario. Escríbenos a trimestrefacil@hotmail.com. En una baja, los plazos de la mutua son cortos. Que un profesional te acompañe con los papeles.
Este artículo es informativo y está actualizado a octubre de 2026. No sustituye el asesoramiento profesional sobre tu caso concreto.
